Секвенатор
 Цель генетического анализа — получение точной информации, независимо от источника материала исследования. Секвенатор GenomeLab™ GeXP обеспечивает возможность гибкого подхода для решения трудной задачи – анализа неточных, противоречивых данных. Используются современные подходы в химии, а также уникальные реактивы для секвенирования ДНК: линейный полиакриламидный (LPA) гель, массив капилляров, обработанный специальным покрытием, изотахофорез (ITP) и инфракрасные цианиновые красители. В дополнение к этому, непосредственно перед загрузкой в капиллярный массив производится денатурация образцов. Результатом является получение данных, нуждающихся в меньшей коррекции, и более качественный анализ в целом. Возможности систем серии GenomeLab™ GeXP позволяют производить секвенирование сложных участков ДНК, где другие системы дают сбой.
Создание полностью автоматизированной системы генетического анализа GenomeLab™ GeXP базируется на солидном опыте компании Beckman Coulter в области автоматизации лаборатории и лидерстве в разработке систем капиллярного электрофореза. Секвенаторы GenomeLab™ GeXP автоматически заполняют капиллярный массив запатентованным линейным полиакриламидным (LPA) гелем, осуществляют денатурацию и загрузку образцов, выполняют программу проведения электрофореза, анализируют данные. Программные средства позволят произвести быстрый обзор качества данных и автоматизировать их оценку, в соответствии с требованиями оператора. Теперь можно сосредоточиться только на исследовании. Секвенаторы GenomeLab™ GeXP автоматически выбирают оптимальную последовательность действий для упрощения проведения электрофореза ДНК.
С приборами GenomeLab™ GeXP Вы cможете проводить полный генетический анализ, используя один гель, один капиллярный массив, одно программное обеспечение.
  
Один гель Один массив капилляров Одно программное обеспечение
Возможности секвенаторов GenomeLab™ GeXP
- Применение линейного полиакриламидного (LPA) геля: максимальная эффективность и разрешение
- Массив капилляров обработан специальным покрытием
- Измерение лазер-индуцированной флуоресценции на четырех длинах волн
- Для образцов и буфера используются 96-ти луночные планшеты
- Одновременное считывание восьми образцов
- Автоматическое заполнение гелем капиллярного массива
- Автоматическая загрузка образца и предварительная денатурация
- Простое задание параметров для проведения ДНК секвенирования и анализа фрагментов
- Программное обеспечение разработано для работы в среде Windows XP
- Работа с двумя 96-ти луночными планшетами
- Встроенный считыватель штрих-кода
- Усовершенствованный программный пакет обработки данных
Дополнительные возможности системы GenomeLab™ GeXP
Секвенирование сложных областей ДНК в случаях, когда другие системы дают сбой (de novo)
Используются современные подходы в химии, а также уникальные реактивы для секвенирования ДНК: линейный полиакриламидный (LPA) гель, массив капилляров, обработанный специальным покрытием, изотахофорез (ITP) и инфракрасные цианиновые красители. В дополнение к этому, непосредственно перед загрузкой в капиллярный массив производится денатурация образцов. Результатом является получение данных, нуждающихся в меньшей коррекции, и более качественный анализ в целом. Возможности систем GenomeLab™ GeXP позволяют производить секвенирование сложных участков ДНК, где другие системы дают сбой.
Прибор заполняет бреши последовательностями с высоким разрешением. На рисунке представлены результаты определения последовательности сложной области генома человека. Последовательность участка, которую не смогла определить другая система автоматического секвенирования, была установлена с помощью инновационных методов, примененных в секвенаторе GenomeLab™ GeXP.
Определение последовательности сложного участка генома человека с помощью инновационной химии GenomeLab™ GeXP.
Тандемные повторы генома, определенные с помощью цветных терминаторов цикла секвенирования (DTSC).
Определение гетерозигот
Определение места расположения гетерозиготного основания в последовательности ДНК имеет важное значение для установления локализации мутаций или полиморфизмов у диплоидных организмов Секвенирование ДНК является окончательным подтверждением наличия более чем одного основания на месте одного нуклеотида.
Программное обеспечение GenomeLab™ GeXP позволяет пользователю включить функцию автоматического определения гетерозигот (окно Sequence Analysis Parameters Editor).
Наличие множественных гетерозигот автоматически определятся с помощью программного обеспечения системы GenomeLab™ GeXP.
Определение наличия или отсутствия полиморфизма длин амплифицированных фрагментов (AFLP) – составление отпечатков (fingerprints).
Система GenomeLab™ GeXP автоматически производит точный и быстрый анализ AFLP. Время автоматической обработки 100 образцов составляет менее 2-х минут, тогда как обработка данных вручную занимает 40 часов.
- Геномная ДНК (гДНК) гидролизуется ферментами рестриктазами. После этого специальные адаптеры сшиваются с концами вырезанного фрагмента гДНК. Полученные последовательности амплифицируют с участием избирательных цветных (краситель праймеров).
- Количественный анализ производится с помощью экспортирования значений высоты пиков.
- Система GenomeLab™ GeXP ведет счет наличия или отсутствия фрагментов по специальному алгоритму, который переводит данные в двоичный код (1/0). Результаты такой обработки данных находят применение в филогенетическом анализе.
Подсчет полиморфизмов одиночных нуклеотидов (SNP)
 Программное обеспечение и химические реактивы секвенатора GenomeLab™ GeXP позволяют производить анализ полиморфизма одиночных нуклеотидов одновременно в нескольких участках одного образца (или одновременно в нескольких образцах). Праймеры содержат специальные красители – терминаторы цикла секвенирования (WellRED DTCS) комплементарные кодирующей нити ДНК. При определении размера анализируемого участка и вызове основания одновременно ведется подсчет локусов, содержащих полиморфизм одиночных нуклеотидов (SNP). Генотипы SNP могут быть экспортированы для анализа взаимосвязи. Данные по анализированным SNP генотипам суммируются и с высокой точностью записываются в отчет со списком фрагментов. Каждому SNP локусу присваивается соответствующая метка.
Определение аллелей
Система GenomeLab™ GeXPс высокой точностью определяет размер ДНК, присваивает метку аллельного гена и автоматизирует просмотр данных. Это усовершенствованный набор инструментов для просмотра и управления данными. Обеспечивается возможность сортировки и фильтрования данных по более чем 100 независимым свойствам.
Некоторые технические характеристики секвенатора GenomeLab™ GeXP
- Применение цветных терминаторов цикла секвенирования
- оптимизированный четырехцветный метод (DTCS четырех цветов)
- определение 700 оснований в одном образце за 100 минут с точностью более 98%
- Анализ фрагментов
- автоматическое определение аллелей
- разрешение: + 1 основание при длине фрагмента 400 оснований, + 2 при длине 600 оснований
В начало
|
